Studium na magisterském stupni oboru Vodní hospodářství a vodní stavby zahrnuje předměty vycházející z nejmodernějších metod a teorií v oboru, informačních technologií a směřuje k prohloubení teoretických a praktických znalostí absolventů bakalářského stupně v oblasti vodního hospodářství, vodního stavitelství a krajinného inženýrství. Podle svého zájmu si student během studia rozšiřuje znalosti zapsáním povinně volitelných předmětů a diplomové práce v jedné z oblastí oboru (vodní toky, vodohospodářská řešení a hydrotechnické stavby, vodní hospodářství krajiny, vodní hospodářství obcí a městských povodí).
Absolventi magisterského stupně oboru Vodní hospodářství a vodní stavby budou mít dostatečné teoretické i praktické znalosti, aby mohli samostatně řešit aktuální vodohospodářské problémy v projekční, investorské, realizační a provozní činnosti. Jako specialisté - vodohospodáři najdou uplatnění ve státní správě, hydrologické službě a ve většině odvětví, především v oblasti ochrany a tvorby životního prostředí, zemědělství, dopravě, průmyslu, energetice a zdravotnictví. Mohou rovněž úspěšně působit ve vodohospodářském výzkumu, případně pokračovat v doktorském stupni studia.